С мускатным орехом готовят варенья, компоты, пудинги и сладости из теста — крендели, печенья, пироги и т.д. В западноевропейской кухне его применяют для ароматизации овощей - добавляют в салаты и пюре из картофеля, брюквы, репы, овощные супы, почти во все грибные блюда, в соусы для всех видов домашней птицы, в макароны, в нежные виды мяса и рыбные блюда (отварная и тушеная рыбы, заливное, рыбные супы). Наиболее эффективно применение мускатного ореха в блюдах, где сочетаются мясо или рыба с овощами, грибами, тестом и в соусах, многим из которых мускатный орех придает основной аромат. Без него не обходится консервная, особенно рыбная, промышленность. С ним маринуют сельдь, коптят самую разную рыбу.