Обладает мочегонным, дезинфицирующим, противовоспалительным, желчегонным, жаропонижающим, свойствами. Препараты из цветков василька синего показаны при воспалительных заболеваниях почек, мочевого пузыря, мочевыводящих путей (нефроз, пиелит, уретрит, цистит), при мочекаменной болезни. Используют при воспалительных заболеваниях глаз (блефарит, конъюнктивит) для промывания. В народной медицине василек ещё применяют как жаропонижающее средство при простуде, также при водянке, желтухе.